16S 微生物三代分析技術高手實戰工作坊

工作坊資訊

16S 微生物三代分析技術高手實戰工作坊
(北醫場)

一級與二級分析實作
114/10/04 (六) AM 9:30~16:30

三級分析實作
114/10/11 (六) AM 9:30~16:30

這場工作坊會學到什麼？

  • 以 ONT (Oxford Nanopore Technologies) 第三代定序 16S 微生物序列為輸入資料
    • 微生物分析流程介紹
    • 前處理與品質管控分析
      (CLI)
    • 各家物種分類器介紹與使用
      (CLI)
    • 多樣性與物種視覺化分析
      (CLI and R scripts)
    • 生物標記統計與視覺化分析
      (CLI and Python)
    • 三級分析基因與代謝途徑預測視覺化
      (CLI and Python)

必須擁有的先備知識

MUST TO HAVE

  • 生物知識
    • 我知道 DNA 是雙股螺旋、DNA 電泳、PCR, Real-Time PCR 原理
    • 我知道 核糖體 (Ribosome)、mRNA, tRNA, rRNA
    • 我知道 轉錄 (Transcription)、轉譯 (Translation)
    • 我知道 親緣關係樹 (Phylogenetic Tree) 可以依據分生 (Molecules) 與型態 (Morphology) 繪製
  • 基礎 Linux 基本指令
    • 我知道 Linux 跟 Windows 都是作業系統
    • 我知道 如何連上遠端 Server
    • 我知道 如何將檔案上傳到遠端 Server、下載資料到本機端
    • 我知道 什麼是 cd, mv, cp, mkdir, rm, pwd, vim
    • 我知道 什麼是 絕對路徑與相對路徑
    • 我知道 如何使用 VS code 執行以上動作
  • 程式語言經驗
    • 我知道 任一程式語言變數的宣告、型態、命名法，以及區域變數、全域變數、變數汙染，還有迴圈、條件、函式及類別以上觀念。
    • 我曾經單純用複製貼上程式碼的方式，以 Python or R scripts 繪製過視覺化圖表
  • 微生物分析經驗
    • 我知道 Illumina 二代定序分析原理
    • 我知道 如何用 EasyMAP or Galaxy GUI 介面操作 Illumina 二代微生物分析流程
  • Git (git clone) 與 GitHub
    • 我知道 GitHub 有地球上所有工程師心血結晶 – 滿滿的程式資源
    • 我知道 git clone 指令，會下載 GitHub 上的 Package
  • ChatGPT or Gemini
    • 我知道 因生資訓練資料稀少，以 LLM 詢問微生物分析專用套件時，容易有幻覺發生，所有指令必須斟酌使用，不得盲目貼上，否則鬼打牆很容易發生。

NICE TO HAVE

  • 微生物分析與程式語言經驗
    • 我曾經分析過 RNAseq、scRNA、GWAS、WES 或 WGS 等定序資料
    • 我知道 PacBio 三代定序分析原理
    • 我知道 如何用 QIIME2 or pb-16S-nf CLI 操作 Illumina or PacBio 二代或三代分析流程
    • 我知道 如何撰寫 Shell 自動化 Scripts
    • 我知道 如何基礎使用 Pandas / Numpy，或使用過任何機器學習相關套件
    • 我知道 如何版本控制，包含分支、回滾等概念
    • 我知道 「R Scripts 是從 1 開始；Python 是從 0 開始」此句涵義

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講者介紹

胡兆棨 Joseph

  • 生資/教育經歷
    • 科學毛怪生物資訊科技公司執行長
    • 臺大動科系單細胞定序分析研究助理
    • 臺灣微生物菌相與精準健康學會 QIIME2 工作坊講師
    • 彰師大通識教育講座講師
    • 臺中市立北新國中理化教師
    • 彰化縣立信義國中小國文/數學國中學習扶助教師
  • 學歷
    • 臺大生醫電子與資訊學所工學碩士
      臺大生物科技所理學碩士
      臺大創意創業學程
    • 彰師大生物學系理學學士
      彰師大高中生物科教育學程
  • 作品
    • 技術文章：16S rRNA 從次世代到三代定序-生資 QIIME2 資料分析趣
      • 獲 2022 年 iThome 人工智慧與資料分析組佳作
      • [LINK]
    • 技術文章：做一支專屬自己學校的課程評價 LINE Bot 吧！
      • 獲 2024 年 iThome 軟體開發組冠軍
      • [LINK]
    • 軟體：彰師小生物 課程評價 LINE ChatBot
      • 超過 10,140 位使用者，單學期超過 100,000 訊息互動量
      • [LINK]
    • 論文：NURECON 提供營養師與研究人員進行營養飲食建議系統
      • Hu, Zhao-Qi and Hung, Yuan-Mao et al. (2024). NURECON: A Novel Online System for Determining Nutrition Requirements Based on Microbial Composition. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, vol. 21, no. 2, pp. 254-264
      • [PAPER LINK]
      • [WEB LINK]
    • 社群/部落格：PetSci Blog、PetSci 毛怪實驗紀錄簿 科普與技術文章