NGS QIIME2: 使用分類器 (Classifier) 做物種分配 (Taxonomy assignment) 及繪製分類柱狀圖 (下-實作篇) -11

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製作一張酷酷的分類柱狀圖 (Taxonomy Bar Plot)

分類柱狀圖 (Taxonomy bar plot)可以幫助研究者一窺樣本的物種分布，QIIME2 VIEW 提供的互動式介面可以更改顏色、排序、尺存以及強調標示特定物種。

下載訓練好的分類器

如 [第十篇] 所說，先將已訓練好的 Silva 138 V3-V4 分類器 silva138_AB_V3-V4_classifier.qza 放至 Linux 目錄中。Reference : anweshmaile

使用分類器註釋 (Annotation) 序列

使用以下指令，讓分類器註釋我們手上的資料:

qiime feature-classifier classify-sklearn \
  --i-classifier silva138_AB_V3-V4_classifier.qza \
  --i-reads rep-seqs-dada2-240.qza \
  --o-classification taxonomy.qza

sklearn 是機器學習廣泛使用的套件，有興趣可以參考 queenawu 大大的 iThome鐵人賽作品。

完成後會顯示:

"Saved FeatureData[Taxonomy] to: taxonomy.qza"

輸出的檔案表格化

qiime metadata tabulate \
  --m-input-file taxonomy.qza \
  --o-visualization taxonomy.qzv

完成後會顯示:

"Saved FeatureData[Taxonomy] to: taxonomy.qza"

taxonomy.qzv 扔到 QIIME2 VIEW 檢視:

可以在這裡檢視分類器的效果如何，就想像是分類器小朋友繳交的答案卷，Taxon 呈現各階層的結果 (界d 門p 綱c 目o 科f 屬g 種s) ，在Greengene 資料庫則以 D_0, D_1, D_2, D_3 …….數字呈現階層。若是出現許多顯示 Unassigned 或多數無法到 G (Genus) / S (Species)，就要考慮分類器是否合適。

分類柱狀圖製作

仔細觀察開頭的柱狀圖，發現可能需要樣本名稱sample-metadataa.tsv、剛剛的分類結果等資料，如果是照著做下來，這些都之前都已經有了~

qiime taxa barplot \
  --i-table table-dada2-240.qza \
  --i-taxonomy taxonomy.qza \
  --m-metadata-file sample-metadata.tsv \
  --o-visualization taxa-bar-plots.qzv

完成後會顯示:

"Saved Visualization to: taxa-bar-plots.qzv"

taxa-bar-plots.qzv扔到 QIIME2 VIEW 檢視 :

習慣上會將 Bar width 調到最寬，階層會先看5~7，顏色上有個小缺點 : 每十個菌顏色就會開始重複，如果想要自行繪製可以在左上角下載表格。

調整好後就會得到一張漂亮的圖啦~

本篇使用到的輸入/輸出檔案 :
Input : silva138_AB_V3-V4_classifier.qza、rep-seqs-dada2-240、table-dada2-240.qza、sample-metadata.tsv、taxonomy.qza
Output: taxonomy.qza、taxonomy.qzv、taxa-bar-plots.qzv

下回繪製 Krona 動態圓餅圖及Top N 分類柱狀圖 !