動態圓餅圖與 Top N 分類柱狀圖
除了 QIIME2 內建的柱狀圖外，也有 Krona 套件利用動態圓餅圖面積呈現菌種比重，而定序廠商也時常提供 Top 10~30 菌種的柱狀圖，幫助研究者更容易理解樣本之間/組之間的菌種組成。
比較
| 視覺化類型 | 環境條件 | 適合 | 優點 | 缺點 |
| 分類柱狀圖(Taxonomy Bar Plot) | QIIME2 內建 | 全部顯示、快速分析瀏覽分類器結果 | 篩選 (Screening) 共同菌種方便、檢視分類效果(Unassign 與 Uncultured 易觀察) | 無法將其他菌種歸為 Other，僅顯示前幾菌種、無法輕易更改樣本名稱 |
| Krona 互動式多層圓餅圖 | QIIME2 插件 (需要多幾個指令安裝擴充) | 檢視各分類階層、特定菌階層下物種比例 | 可調整階層、字體、圖片大小、比例可依階層繪製、超級漂亮炫炮 | 菌名都很長，動畫很多，不小心容易迷路 |
| Top N 分類柱狀圖 | Python IDE (Spyder or Jupyter) | 檢視主流 (Dominant) 菌 | 顯示前2~20名菌種、解決分類柱狀圖缺點、顏色可調整、菌名短 (僅顯示該階層名稱) | 需要基礎 Python 知識、分組情形目前無納入 |
Krona 互動式多層圓餅圖製作
先進入 qiime2-2022.8 環境，安裝依賴項(dependencies)，按 Y:
conda install -c bioconda krona完成後會顯示:
'
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: /
Krona installed. You still need to manually update the taxonomy
databases before Krona can generate taxonomic reports. The update
script is ktUpdateTaxonomy.sh. The default location for storing
taxonomic databases is /home/XXXXX/envs/qiime2-2022.8/opt/krona/taxonomy
'安裝插件: Reference : kaanb93
pip install git+https://github.com/kaanb93/q2-krona.git完成後會顯示:
'Successfully' built q2-krona
Installing collected packages: q2-krona
'Successfully' installed q2-krona-1.0.2以上只有第一次安裝需要，之後就可以從以下執行 Krona 作圖 :所需要的檔案包含 table-dada2-240.qza、taxonomy.qza [第 11 篇]，
qiime krona collapse-and-plot \
--i-table table-dada2-240.qza \
--i-taxonomy taxonomy.qza \
--o-krona-plot krona.qzv完成後會顯示:
'Saved Visualization to: krona.qzv'同樣地，下載 Krona.qzv後拖曳到 QIIME2 VIEW:
Top N 分類柱狀圖製作
前面表格有提到，由於 QIIME2 分類柱狀圖與 Krona 無法將其他菌種歸為 Other，僅顯示前幾菌種 (如Top10/Top20)，許久以前我寫了 Python 小程式試圖解決這個問題，此方法 Windows / Mac 需安裝 Git, Python IDE (Spyder or Jupyter) 方邊操作 。網路上很多上述安裝教學。
準備輸入檔案 level-7.csv
將先前的 taxa-bar-plots.qzv 拖曳入 QIIME2 VIEW，Taxonomic Level 欄位選擇 Level 7，並點擊左側的 Download csv 檔案 :
會獲得 level-7.csv 。
下載 NTGS 分類柱狀圖程式
在 Windows / Mac cmd 執行
git clone https://github.com/ba2c7yoyo/NTGS以 Spyder IDE 為例，開啟資料夾內的 TopN_abundance_NGS.py:
若無安裝過 pandas matplotlib 則安裝 :
pip install pandas matplotlibTopN_abundance_NGS.py有三個參數需要調整，Line 15~17 :
path = './examples/'
#剛下載 level-7.csv 的路徑位置
file_name = 'level-7.csv'
#剛下載 level-7.csv 的檔名
int_last_cloumn = -2
#sample-metadata.tsv 內的分組數，若依照本篇文範例調整為 -2 (Index 與 Sex)執行程式後，會詢問要繪製哪些樣本、檔名、前幾名，Top 建議在 2~20之間，因為預設顏色最多二十種 (含 Other ) :
(File name 預設無作用，可參閱文件儲存檔案)
在程式內會產出各階層 Top N 結果圖 :
各種漂漂圖就這樣出來啦~
本篇使用到的輸入/輸出檔案 :Input : table-dada2-240.qza、taxonomy taxonomy.qza、taxa-bar-plots.qzvOutput: krona.qzv、level-7.csv
下回是繪製親緣關係樹 (Phylogenic tree) !
