次世代定序 16S rRNA 生物資訊分析教學地圖
在本篇文章整理 20 篇以次世代定序 (NGS) 16S rRNA分析教學為主，並以相同範例檔案貫穿各篇，分析流程具有脈絡順序，建議學習以此目錄參考，點按以下章節可另開新視窗抵達文章。
背景知識與應用
原理與資料介紹
- 第一代定序與 NGS 次世代定序原理 (Illumina) -3
- 公開文獻的序列下載工具 Python bioinfokit + SRA Toolkit: 16S rRNA 為例 -4
- NGS QIIME2: 16S rRNA 介紹與分析流程概述 -5
分析流程 – 資料前處理、品質控制、物種分配
- NGS QIIME2: 安裝與製作輸入檔案 (Manifest & Metadata) -6
- NGS QIIME2: 定序資料加工壓縮 (Artifacts) 與概述 (Overview) 視覺化 -7
- NGS QIIME2: DADA2 序列品質管制 – 留下好序列，篩掉壞序列 -8
- NGS QIIME2 Debugging: DADA2 序列品質管制 (Quality control) 常見剪切 (Trimming) 錯誤 -9
- NGS QIIME2: 使用分類器 (Classifier) 做物種分配 (Taxonomy assignment) (上-概念篇) -10
分析流程 – 資料視覺化、多樣性統計分析、功能預測
- NGS QIIME2: 使用分類器 (Classifier) 做物種分配 (Taxonomy assignment) 及繪製分類柱狀圖 (下-實作篇) -11
- NGS QIIME2: 繪製 Krona 動態圓餅圖及 Top N 分類柱狀圖與比較 -12
- NGS QIIME2 : 繪製親緣關係樹 (Phylogenic tree) 與 iTOL 應用 -13
- NGS QIIME2 : 繪製熱圖 (Heat map) -14
- NGS QIIME2 : 統計分析前樣本的取捨 – 取樣深度 (Sampling depth) -15
- NGS QIIME2 : 分析與繪製組內物種多樣性 (Alpha diversity) (上) -16
- NGS QIIME2 : 分析與繪製組內物種多樣性 (Alpha diversity) (下) -17
- NGS QIIME2 : 分析與繪製組間物種多樣性 (Beta diversity) -18
- NGS QIIME2 : 分析與繪製微生物基因功能預測 PICRUSt2 + STAMP (上) -19
- NGS QIIME2 : 分析與繪製微生物基因功能預測 PICRUSt2 + STAMP (下) -20
- NGS 定序分析報錯 : 那些分析時遇到的蟲子們 -21
- NGS QIIME2 : 尋找生物標記(Biomarker) LEfSe + dokdo 套件 (上-原理與安裝) -22
- NGS QIIME2 : 尋找生物標記(Biomarker) LEfSe + dokdo 套件 (中-實作) -23
